L’Assemblée des Professeur·es est l’instance centrale de gouvernance de l’institut qui définit la stratégie générale et les orientations budgétaires et gestionnaires de l’institut. Cette assemblée élit un directeur ou une directrice, assisté·e d’un directeur ou une directrice adjoint·e, en charge de diriger l’exécution des décisions prises par l’Assemblée des Professeur·es, de gérer la traduction de ces décisions en actions concrètes, de représenter l’institut auprès de la direction de la Faculté des Sciences de Base, dans l’EPFL et ailleurs, et de transmettre à l’Assemblée des Professeur·es les informations pertinentes à l’institut émanant de l’EPFL et d’ailleurs.